随着闯王李自成离开河南远走四川，河南境内其他的农民军别部很快被明军平定，大量农民军士兵在穷途末路之下纷纷向明军投降，有些担心被明军报复的则跑到南阳投奔左良玉，毕竟左良玉虽然也是理论上的明军将领，但是他对前来投奔的农民军非常欢迎，结果就是左良玉在部队在战后规模更大了，当然这基本上已经宣告中原的农民军被彻底平定。
各路明军此后都向河南运来了大量粮食以便赈济灾民，祖大寿，孔有德，洪承畴在自己的根据地里非常强调农业生产并且武力收缴很多土地，在这种情况下他们手头上的粮食相当不少，而且孔有德和祖大寿还可以从西班牙人那边去购买粮食，在这种情况下很快河南当地的灾情很快就得到了控制，当地的民众也逐渐稳定了下来，而农民军降兵在获得粮食后也不想继续造反了。
除此之外各路明军则开始就地任用官员前去控制地方，他们开始把治下原先的地方官调离河南，然后他们再安排自己的亲信前去掌控地方大权，祖大寿也表示不会去追究当地官员不听号令的旧账，但是对于那些意图反抗他们的官员，他们就以贪污的罪名对这些官员重拳出击，毕竟事到如今就没有不贪污腐败的官员了，在这种情况下很快他们就彻底控制了河南。
而接下来这次出兵河南对抗农民军的蓟国公祖大寿，岐国公洪承畴和鲁国公孔有德就开始商讨对河南进行占领的问题，当初祖大寿说服洪承畴和孔有德出兵河南攻打李自成的时候，他就许诺跟他们在战后直接瓜分河南，而这其中以洪承畴的出力和战绩最大，这次李自成聚集的几十万大军基本上全是被洪承畴的明军所打垮的，毕竟洪承畴跟李自成已经是老对手了。
洪承畴在战后出兵占领了河南西部的河南府和汝州府全境，这里可都是河南最传统的核心地区，至此洪承畴直接控制了西安和洛阳这两个古都，其声望可以说是有了巨大的提升，此外这里现在已经算是河南境内相较来说民生过得去的地方，洪承畴在战后就开始布置移民发展农业，而除此之外他还派出总兵白广恩驻守郑州城，他又让总兵刘钰屯驻许州，可以说基本上控制了开封府的西部。
孔有德在驱逐了李自成后就彻底拿下了归德府和汝宁府，这里因为跟山东接壤所以孔有德此前就开始在这里进行渗透，甚至在当地活动的张献忠义子孙可望部都皈依天主教，这次开战后孙可望立刻迅速投奔鲁军并且跟随孔有德屡立战功，而在战后孔有德则继续在当地推广天主教，并且他还在这些地区拓展贸易路线从而发展商业，此外孔有德还派出总兵李应元，尚可喜，孙可望各自率部前去屯驻陈州，项城，偃城等地控制开封府的南部。
关宁军在此战中其实并没有打多少硬仗，但是他们却趁机拿下很多的地盘，锦衣卫指挥使吴三桂率领麾下人马占领了怀庆府，督师南征的蓟辽总督祖大乐轻松的占领了彰德府和卫辉府，其中彰德府已经被此前归顺关宁军的袁时中率部占领，而在卫辉府活动的张献忠义子李定国则主动向明军投降，而驻守开封城的陈友福也主动归顺了关宁军。
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